密码子使用偏好性参数汇总

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研究密码子偏好性常用的参数
1、相对同义密码子使用度(RelativeSynonymousCodonUsage,RSCU)是指对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率，它去除了氨基酸组成对密码子使用的影响。如果密码子的使用没有偏好性，该密码子的RSCU值等于1，当某一密码子的RSCU值大于1时，代表该密码子为使用相对较多的密码子，反之亦然。第i个氨基酸的第j个密码子的相对同义密码子使用度值的计算公式如下:

公式中,Xij是编码第i个氨基酸的第j个密码子的出现次数,ni是编码第i个氨基酸的同义密码子的数量(值为1~6)。研究中通常先利用高表达基因的RSCU值建立参考表格。2、密码子适应指数(CodonAdaptationIndex,CAI)可以根据已知高表达基因的序列来估计未知基因密码子使用的偏好性程度。CAI的值在0~1之间,如果越高则表明该基因的密码子使用偏好性越强。CAI值一般用来预测种内基因的表达水平(但目前的研究发现对于单细胞生物比较适用,而在哺乳动物中并不能用来表示基因表达水平),又可以用来预测外源基因的表达水平。wij(Therelativeadaptivenessofacodon):密码子相对适应度

上式中RSCUimax、Ximax分别指编码第i个氨基酸的使用频率最高的密码子的RSCU值和X值

L是指基因中所使用的密码子数。3、密码子偏好参数(CodonPreferenceParameter,CPP)CPP的变化范围为0~18,越接近18表示密码子被非随机使用的程度越密码子偏好性分析,大肠杆菌密码子偏好表,密码子偏好性,稀有密码子在线分析,跨膜区预测,多个探针对应一个基因,蛋白质功能预测,反向核酸序列互补转换,cds序列和cdna序列,启动子活性分析,SH2结构域,选择性剪切