公司在汇时误将本应付给对方总公司的一笔费用误汇入子公司帐号内，现总公司要求我们写个证明，

这种情况司空见惯，一般应该是要求退回再重新汇吧，不然仅仅写给对方总公司一个证明对双方的入账处理来说都不太妥当。
误付退回申请
##公司（子公司）：
本公司于2011年#月#日通过##银行##方式汇入贵公司##账号##元##费系误付，本应汇至贵公司总公司名义开设的银行账户，请贵公司退回至原汇款账户，由本事项可能引起的一切后果均由本公司承担。
本公司（公章）
日期：2011年#月#日分公司代总公司付款    分公司欠总公司钱注销时如何处理    分公司跟总公司关系    总公司帮分公司付款    母公司替子公司付款    证明总公司和分公司的关系    总公司租赁地址给分公司使用的说明    分公司给总公司转款    我公司投资另一家公司款怎么做账    分公司收入汇入总公司    总公司打给分公司的钱怎么做账    总公司代收分公司货款